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El organismo posee varias barreras que desempeñan un papel importante en la defensa contra patógenos. La primera de ellas es la piel, la cual es una barrera absoluta contra los gérmenes en tanto se encuentre sin daños. También son barreras externas las pilosidades nasales, las cuales impiden el paso de agentes extraños y las mucosas, ya que están humedecidas constantemente y producen substancias antimicrobianas.

Barreras externas de defensa contra patógenos.

Los agentes patógenos que logran entrar al cuerpo se encuentran con la segunda línea de defensa, consistente en varios tipos de células fagocíticas del cuerpo, que aprisionan y destruyen los elementos patógenos.
Segunda barrera de defensa contra patógenos.

La tercera y última línea de defensa como respuesta a la presencia de una substancia extraña (antígeno) son los anticuerpos o inmunoglobulinas, proteínas producidas por ciertas células corporales llamadas linfocitos.

Existen dos tipos de linfocitos: T o del timo, encargados de la inmunidad celular y B encargados de la inmunidad humoral (anticuerpos específicos circulantes en la sangre).

Tercera barrera de defensa contra patógenos, donde las células madre de la médula ósea que maduran en el timo y en la sangre, se transforman en linfocitos T o B respectivamente.

La inmunidad puede ser del tipo pasiva o activa, la inmunidad pasiva se refiere a aquella que se obtiene de forma externa.

Ejemplos de inmunidad pasiva: animal recién nacido que recibe los anticuerpos de la madre a través del calostro materno. En los humanos el feto recibe los anticuerpos de la madre a través de la placenta.
La inmunidad activa es aquella inducida como respuesta a la presencia de un antígeno (substancia extraña), el antígeno puede ingresar en forma natural al cuerpo o ser introducido por medio de una vacuna.
La vacuna consiste en aplicar el antígeno atenuado de modo que no cause enfermedad, pero que active la respuesta inmunológica del cuerpo y así estar preparado en caso de la entrada de un patógeno.

Para la prevensión de enfermedades no sólo es necesario una buena respuesta inmunológica por parte del animal, sino que también es necesario realizar los manejos para la prevención y control de enfermedades:

1) Prevención: manejos necesarios para impedir el desarrollo de una enfermedad:

Cuarentena: separación temporal de animales recién adquiridos y que puedan estar incubando una enfermedad, de modo de que si es efectivo, la presenten fuera del rebaño.
Vacunación: aplicación de antígenos que actúan de forma inmediata contra la enfermedad que se quiere prevenir, esto pone al animal en alerta creando sus propios anticuerpos.
Nutrición: un animal bien alimentado estará en buenas condiciones para enfrentar una enfermedad.
El medio ambiente en que se desarrolla el animal debe ser higiénico, ya que la suciedad y las malas condiciones generales son medios atractivos para los agentes patógenos y vectores de ellos.
La vigilancia constante de los animales es la mejor forma de detectar a tiempo cualquier factor que desencadene una enfermedad.

2) Control: si las medidas de prevención no fueron suficientes para impedir la insidencia de alguna enfermedad, es necesario el rápido control de élla antes de que alcance un desarrollo incontrolable:

Entre las medidas de control encontramos:

Aislación de los animales enfermos, esto puede ser a nivel predial, zonal, regional e incluso del país.
Para poder enfrentar una enfermedad lo primero es identificarla, identificar el foco que la ha causado (vectores y ambiente) y eliminarlo.
Una vez identificada la enfermedad se puede realizar un plan de manejo
por medio de medicamentos.
Si la enfermedad no tiene control, la única forma de
impedir el contagio es el sacrificio del animal.

3) Erradicación: Una vez que la enfermedad se encuentra bajo control y sólo son pocos los animales que la presentan, es recomendable su completa erradicación. Cada predio tiene que evaluar su situación y optar por el sacrificio de los animales o manejarlos en forma separada de modo de irlos reemplazando, medida menos efectiva por mantener un foco dentro del predio.

Entre las enfermedades más comunes presentes entre los animales comerciales de Chile se encuentran:
ANIMAL AGENTE CAUSAL ENFERMEDAD
Bovinos Bacterias 
 
 

Virus 
 

Clostridium

 Antrax 
Brucelosis 
Tuberculosis 
Diarrea 
Mastitis 

Leucosis 
BVD 

Enterotoxemia 
Hemoglobinuria basilar
Ovinos Bacteria 
 
Clostridium 
 

Parásitos 

Carbunclo bacteriano 

Hepatitis necrosante 
Enterotoxemia 

Trastornos gastro-intestinales 
Fasciola hepática
Porcinos

Bacterias 
 

Virus 
 

Clostridium

 Peste porcina 
Eriscipela 
Enfermedades respiratorias 

Fiebre porcina 
Gastroenterítis 

Enterotoxemia
Aves

 

Virus 
 
 
 
 

Protozoos 

Salmonela 

Múltiples

 Newcastle 
Laringotraqueítis contagiosa 
Viruela aviar 
Marek 
Bronquitis infecciosa 
Gumboro 
Leucosis 
Hepatitis a cuerpo de inclusión 

Coccidiosis 

Salmonelosis 

Ascitis
Peces Bacterias Costiasis de los bronquios 
Septicemia hemorrágica (SHB) 
Vibriosis del riñón (BKD)