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La obtención de animales mejorados se realiza mediante el manejo de los cruzamientos de los padres seleccionados.

Métodos de cruzamiento:

- Endocría (Inbreeding) : cruza de individuos que tienen algún ancestro en común. Esto permite la homocigosis (consanguinidad).

- Exocría (Outbreeding) : cruza de individuos sin ancestro común. Permite el vigor híbrido (superioridad de la progenie sobre el promedio de los padres).

VH = ((Promedio progenie - Promedio padres) / Promedio padres) x 100
 
 

Ejemplo de vigor híbrido: superioridad en altura de las crías sobre el promedio
de altura de los padres.
 

Entre los métodos de exocría más usados tenemos:
a) Cruza entre razas (Crossbreeding): Cruza entre animales de diferentes razas.

Ejemplo de cruza entre diferentes razas.
Ejemplo de cruza entre diferentes razas.
 

b) Cruza entre especies (Species cross): Cruza entre diferentes especies. Este tipo de cruza produce descendencia infértil, a diferencia de la cruza entre razas donde la descendencia es fértil.

Ejemplo de cruza entre diferentes especies. La cruza entre un potro (caballo macho) y una hembra de burro recibe el nombre de BURDEGANO.
 

Entre los métodos más recientemente incorporados en el mejoramiento animal tenemos:

- Clonaje: es la obtención de embriones idénticos a partir de un sólo embrión, su uso es más frecuente en ganado bovino.

a.- Mórula (óvulo fecundado con 40 a 70 células) y un óvulo sin fecundar.
b.- Extracción del contenido celular del óvulo sin fecundar
c.- pd: División de la mórula en dos grupos de células por medio de microcirugía.
d.- pd: Una mitad de las células ha quedado en la mórula y la otra mitad está siendo introducida en el óvulo sin fecundar, al cual se le había extraído el contenido celular.

Esta operación se puede realizar varias veces obteniendo muchas mórulas idénticas, posteriormente se introducen en los úteros de las hembras (uno por cada hembra), obteniéndose un grupo idéntico de crías.

- Determinación del sexo: Por medio de la observación de los genes sería posible determinar el sexo de los gametos (masculinos y femeninos) y así manejar la fecundación de acuerdo a las necesidades. Ej: en la industria lechera todo agricultor preferiría que sus vacas parieran hembras, ya que los machos no son de utilidad.

- Mapeo genético: Es posible realizar la observación de los genes e identificar aquellos de interés, ya sea por su aporte al mejoramiento (positivos) o por ser de aporte negativo.

Ejemplos:

Genes positivos: Color de pelo en cerdos (para el faenamiento interesan los cerdos blancos por su facilidad en desprender los pelos).

Gen Chino de tamaño de camada (gen que determina un gran número de camada en cerdos).

Genes negativos: Gen alotano en cerdos que causa una mayor tendencia al estrés.
Genes que determinen algún problema físico.

- Corrección de errores genéticos: es posible que algunos genes negativos puedan ser eliminados y reemplazados por el alelo que no causa defecto.