Las flores, típicamente papilionáceas, son pequeñas y se ubican sobre pedúnculos muy cortos que pueden medir de 6 a 13 mm de largo; éstos nacen en las axilas de las hojas ubicadas en los nudos reproductivos. Si bien pueden producirse hasta dos flores por nudo, lo normal es que se produzca solamente una.
 
Los estambres, 10 en cada flor, se caracterizan por ser diadelfos y tener una posición ligeramente oblicua; nueve de ellos presentan sus filamentos fusionados, en tanto que el décimo se presenta libre. Los estambres se elongan antes de producirse la apertura de las flores, liberando el polen sobre el pistilo. La corola es generalmente blanca en las plantas de tipo Kabuli y púrpura en las de tipo Deshi.
 
Las primeras flores desarrolladas por las plantas, llamadas seudoflores o flores falsas, suelen ser imperfectas y no llegan a producir vainas. Por otra parte, la mayor parte de las flores producidas tardíamente, en la parte más alta de los tallos, sufre absición; de producirse vainas, éstas quedarán vanas o producirán semillas chupadas o de menor tamaño. Estos problemas, cuando se produce un déficit hídrico durante la etapa reproductiva, pueden agudizarse y hacerse extensivos a muchas otras flores y vainas de expresión más temprana. En cualquier caso, el porcentaje de absición en garbanzo es bastante alto, alcanzando en promedio entre 65 y 75%, con valores ligeramente más altos para los cultivares del tipo Deshi.