Por real cédula del 14 de septiembre de 1519 se creó dentro del Consejo de Castilla una sección especial con el nombre de Consejo de Indias. El 1° de agosto de 1524 éste se organizó con carácter independiente y bajo la presidencia del cardenal Loaysa. El Consejo no tuvo en sus primeros tiempos una residencia fija y generalmente seguía a la corte en sus desplazamientos. Cuando en 1561 el rey se radicó definitivamente en Madrid y se instaló en El Escorial, el Consejo lo hizo en el Alcázar Viejo y, más tarde, cuando se construyó el Palacio Real, éste pasó a residir en el Palacio de los Consejos.
	El recién fundado organismo era la más alta autoridad legislativa y administrativa del imperio americano después del rey. Estaba dividido en tres departamentos; dos dedicados a materias de gobierno y uno de justicia. Los consejeros eran togados o bien de capa y espada, pero todos hombres distinguidos en el servicio de ultramar. El número de estos consejeros fue de cinco, con dos secretarios, un promotor fiscal, un relator, un oficial de cuentas y un portero. El Consejo tenía funciones meramente consultivas. Los acuerdos adoptados sobre cualquier asunto, tras las respectivas deliberaciones, eran elevados al rey en un documento denominado consulta, en el margen del cual el soberano escribía su decisión final. Una vez conocida la voluntad real, se redactaba la disposición definitiva para su promulgación y ejecución.
	El 25 de agosto de 1600, se estableció la Junta de Guerra de Indias, uno de los organismos más influyentes dentro del Consejo. La creación de ésta obedeció a la preocupación especial que requerían los negocios y materias de guerra. También, a semejanza del Consejo de Castilla, el de Indias tenía una Cámara, llamada de Indias, encargada de la distribución de mercedes y de proponer al rey los nombramientos en los oficios seculares y eclesiásticos (Real Patronato). A comienzos del siglo XVII se conformaron, dentro del Consejo, cuatro secretarías, siendo las más importantes y duraderas las encargadas de los virreinatos de Nueva España y Perú. La administración del Consejo de Indias progresivamente se fue tornando más lenta y burocrática. Además, durante el siglo XVII, la debilidad de los monarcas que entregaron el gobierno a funcionarios allegados a la corte (llamados Validos), influyó negativamente en la eficiencia del Consejo.