Mientras los españoles afianzaban su posición en las tierras del Incario y los nativos, liderados por Manco Inca, se refugiaban en Vilcabamba, convertido en eje de la resistencia a los invasores, en 1542 fue creado por orden real el virreinato del Perú. La ciudad de Lima fue la sede del gobierno virreinal y acogió el 15 de mayo de 1544 al primer virrey del Perú, Blasco Núñez de Vela. La tarea de este funcionario chocó con los intereses de los encomenderos que, encabezados por Gonzalo Pizarro, se habían alzado en el Cuzco contra las Leyes Nuevas. La guerra civil costó la vida al flamante virrey y sólo a partir de 1555 (mandato de Andrés Hurtado de Mendoza) el Perú comenzó a vivir una etapa de mayor tranquilidad y prosperidad.

La nueva unidad política era más extensa en superficie que el virreinato de México. Abarcaba todo el continente sudamericano, excepto el Brasil portugués, las Guayanas y la costa del Caribe en Venezuela.

El ámbito del virreinato del Perú incluyó, en principio, la mayoría de las gobernaciones suramericanas. No obstante, el poder directo del virrey se manifestó sobre Lima, Charcas y Quito, pues éstas no tenían gobernador político. Mientras tanto, Panamá, Chile y el Río de la Plata eran territorios regidos por presidentes-gobernadores (autoridad máxima de una gobernación que cuenta con una Real Audiencia), que además eran capitanes generales, por tratarse de tierras de guerra. En consecuencia, actuaban con plena autonomía política dentro de la esfera del virreinato.