Una vez visualizado el exocervix se toma la muestra para el examen citológico con una espátula de Ayre y una tórula endocervical. Ambas muestras se extienden en un portaobjeto y se fijan pronto para evitar la desecación. Se retira el espéculo antes de pasar a la siguiente etapa del examen, la palpación.

La muestra fijada se envía al laboratorio acompañada de un formulario que debe ser llenado con los datos de la paciente. Es muy importante la adecuada identificación de la muestra.