"Durante el siglo y medio largo que duró el período colonial propiamente dicho, entre 1575 y 1740 aproximadamente, hubo pocos cambios importantes que vinieran a alterar la vida ordenada de los clérigos, pero aun así, se produjeron algunas modificaciones de peso. La más notables es que el clero secular fue desarrollándose lentamente, mientras retrocedía de forma muy gradual el regular. Manifestación particularmente importante de esta tendencia fue la creación de Patronato Real. Así como el patrono de una capilla o fundación podía nombrar al sacerdote encargado del ministerio en esa capilla o fundación, el monarca, en su calidad de patrono, podía nombrar a todos los eclesiásticos del Nuevo Mundo, a reserva del que el Papa aprobara definitivamente el nombramiento.
El Patronato hizo de la Iglesia del Nuevo Mundo, desde el punto de vista administrativo, una especie de dependencia de la corona. Todos los obispos, arzobispos, miembros del capítulo catedralicio y párrocos eran nombrados por el rey o por sus representantes. La única excepción eran los párrocos que pertenecían al clero regular, ya que éstos sólo dependían de sus superiores y, en último término, del Papa, a través de la jerarquía interna de la orden. No había, sin embargo, comunicación directa entre Roma y los obispos del Nuevo Mundo; ésta se efectuaba únicamente por intermedio del Rey y del Consejo. El monarca tenía derecho exclusivo a autorizar la construcción de iglesias y capillas, a determinar los límites territoriales de diócesis y parroquias, a aprobar todos los cánones y decretos de los sínodos y juntas locales, a convocar dichos sínodos juntas, y a controlar los viajes de clérigos que pasaban de un continente a otro"