Desde que Cristóbal Colón llevó consigo algunos religiosos en su segundo viaje (1494-1496), la Iglesia no ha dejado de estar presente en América.

Curas de diversas órdenes religiosas, curas diocesanos y frailes participaron de las empresas de conquista y acompañaron a las huestes por doquier. Sus tareas abarcaban dos campos: la evangelización de los nativos y la prestación de servicios religiosos a la población europea.

En relación al mundo indígena hubo también una decidida lucha por "extirpar las idolatrías", o sea liquidar por todos los medios las creencias religiosas aborígenes consideradas paganas y a menudo diabólicas.

En los principales poblados que se erigieron sobre las ruinas de los centros urbanos indígenas y en las nuevas fundaciones nunca faltó la iglesia, construida con mano de obra nativa.

Las villas más pequeñas, en tanto, eran dotadas de capillas. Estos establecimientos cumplían el objeto de velar por el cumplimiento de los sacramentos en la población hispana y, por sobre todo, difundir el evangelio entre la masa aborigen. La evangelización corrió por cuenta de las órdenes religiosas, que fundaron colegios y seminarios, como por ejemplo el Colegio de Santa Cruz de Tlatelolco en México, dedicados a cristianizar a los hijos de la élite indígena.

A medida que avanzaba el proceso de conquista y afluían más religiosos, se hizo necesario redistribuir a las diversas órdenes por todo el territorio.

Esto, porque cada una aplicaba distintos métodos doctrinales y cundían los roces entre ellas. Para terminar con estas pugnas, la corona dictó una disposición real en 1563, en la cual se ordenó la pertenencia de los monasterios de una provincia a una misma orden. Así, a finales del siglo XVI las diferentes regiones de América se repartieron y quedaron bajo tutela de 300 mercedarios, 2.200 franciscanos, 1.670 dominicos, 470 agustinos y 350 jesuitas.

Por otra parte, hay que señalar que los misioneros que llegaron a América adoptaron distintas posiciones frente a la conquista y al trato que se daba al indígena, debate que también se desarrolló en España. En un comienzo no se cuestionó mayormente la violencia y el pillaje que los españoles efectuaron en la conquista de las Antillas situación que empezó a cambiar un poco a partir de 1511 con el sermón de Montecinos. . Desde entonces, el clero se dividió en dos corrientes; los que justificaban la conquista considerándola como una "guerra justa", y los que se abocaron a la defensa y evangelización del indígena como paso previo a su sometimiento.

La vida de la mayoría de los misioneros en el Nuevo Mundo fue muy sacrificada y estuvo llena de privaciones. Su esfuerzo partió con la adaptación a un hábitat diferente a todo lo que conocían en Europa, con climas y alimentos desconocidos y múltiples trabas para comunicarse con los nativos. Sin embargo, los frailes y sacerdotes fueron los primeros en aprender las numerosas lenguas indígenas e incluso elaboraron ya durante el siglo XVI catecismos en idiomas nativos.

También fueron claves en la narración de la historia indígena y de cuanto sucedió durante la conquista. Entre ellos no podemos dejar de mencionar a Fray Ramón Pané para el mundo antillano, Fray Bernardino de Sahagún para los aztecas, Fray Diego de Landa quien rescató las vivencias de los mayas o Fray Pedro de Aguado quien se refirió al mundo colombiano.