La población aborigen de América fue evidentemente la más afectada por la irrupción europea y el proceso de conquista.

Incluso su denominación sufrió una deformación que se prolonga hasta nuestros días; ya que los europeos suponían que habían arribado a las Indias Orientales (Japón, China, India) y llamaron "indios" a sus habitantes. Cuando se descubrió que se trataba de un continente desconocido hasta entonces para los europeos, se lo denominó Indias Occidentales para diferenciarlo de las Indias Orientales, pero se mantuvo el vocablo "indio" para referirse a los nativos.

Ello es incorrecto, pues debemos precisar que los indios viven actualmente en la India y que los "indios" de América se deberían denominar, por lo tanto, según los nombres que ellos mismos se daban o, al generalizar, utilizando términos como "indígenas", "nativos", aborígenes" o "indoamericanos".

Durante la conquista en el mundo indígena se observó una gran división: se ubicaron por un lado quienes se opusieron al invasor y por el otro los que colaboraron por diversas razones con los europeos.

La resistencia a la conquista fue un fenómeno muy extendido a lo largo del siglo XVI e involucró a prácticamente todos los grupos étnicos americanos.

De hecho, las revueltas indígenas , a pesar de ser rápidamente sofocadas, acompañaron al conquistador en todas sus campañas y constituyen un fenómeno inseparable del proceso de conquista. No obstante, con el pasar del tiempo poco pudieron hacer los guerreros nativos frente a las armas y, sobre todo, a las enfermedades traídas por los europeos.

Las jefaturas y noblezas indígenas tuvieron dos opciones; o llegaban a un arreglo con los españoles para mantener algunos privilegios, o se rebelaban contra el invasor. Esta última alternativa fue la más empleada por las élites nativas e implicó generalmente la derrota militar indígena, acompañada de la virtual desaparición de la clase dirigente.

De esa manera, las grandes unidades políticas prehispánicas, como por ejemplo los imperios azteca e inca o la confederación tairona, perdieron su liderazgo y su poder pasó a manos de los españoles. Así, se produjo la decapitación de la estructura gobernante indígena, aunque en aquellas culturas de menor desarrollo socio-político, como los mapuches de Chile, los aborígenes pudieron enfrentar con mayor flexibilidad a los peninsulares, pues sus autoridades eran renovadas continuamente.

Los indígenas que prefirieron colaborar con los forasteros recibieron muy luego el apelativo de "indios amigos". En primer lugar hay que mencionar a los traductores e intérpretes indígenas, que se transformaron en auxiliares vitales de las huestes conquistadoras. ¿Qué hubiera hecho Hernán Cortés sin la Malinche o Francisco Pizarro sin el célebre Felipillo? Probablemente no hubieran podido forjar su estrategia de ataque de la manera que lo hicieron si no hubiesen contado con la ayuda de quienes conocían las debilidades de sus contrincantes.

Pero también en el combate los indios amigos prestaron una inapreciable asistencia, pues formaron contingentes muy numerosos que sabían cómo enfrentarse a sus pares que luchaban por la defensa de su territorio. Además aprendieron a utilizar armas y tácticas españolas y constituyeron la principal fuerza de choque en las batallas.

La pregunta que cabe hacerse es el por qué determinadas parcialidades nativas tuvieron esta actitud colaboracionista con el invasor.

Los especialistas concuerdan en que gran parte de la explicación hay que buscarla en antiguas rencillas y enemistades que había en la América Indígena antes de la llegada de Colón.

Estas rivalidades fueron aprovechadas por los peninsulares para sus fines, lo cual les permitió derrotar a un enemigo mucho más numeroso. Los indios amigos, por su parte, actuaban con la convicción que los españoles habían llegado para ayudarles y otorgarles la posición que creían merecer.

Además, hubo casos en que grupos de indígenas participaron en las campañas con el objeto de obtener un botín (mujeres, caballos, artefactos, etc.), privilegios (exención del pago de tributos) u otras recompensas.

También hay que señalar que diversas agrupaciones nativas prestaron su colaboración al español forzadas por la imposibilidad de resistir y, a menudo, obligadas por los propios invasores, tal como ocurrió por ejemplo en el norte de Chile con los atacameños y diaguitas.

Finalmente, ni los indígenas que resistieron ni los indios amigos ni la escasa nobleza sobreviviente, lograron insertarse en la sociedad colonial en condiciones acordes a sus usos y costumbres. En general, permanecieron como un estamento separado, la llamada "república de los indios", cuyos descendientes engrosaron el bajo pueblo latinoamericano, junto a mestizos, negros y zambos.