En el actual territorio de la República de Colombia se pueden distinguir dos regiones muy diferenciadas: la zona cordillerana hacia el oeste y los llanos y la selva del Amazonas al este de los Andes. Antes de la irrupción española, las principales culturas nativas habitaban los valles de la región cordillerana regados por los ríos Magdalena y Cauca. En esta zona, la cordillera de los Andes aparece fragmentada en tres grandes cordones montañosos, en torno a los cuales se distribuyeron los mayores asentamientos humanos. Los llanos y la Amazonía, por el contrario, albergaban a una muy escasa población trashumante.

El clima de la región cordillerana varía según la altura. Es muy cálido en las tierras de menor altura o tierras calientes (0-600 metros), donde impera la selva virgen con especies como palmeras, bambúes, heveas y maderas finas. Aquí el calor y la humedad son muy elevados. Entre los 600 y los 2.000 metros dominan las tierras templadas, con una temperatura más baja y una amplia oscilación térmica entre el día y la noche. Se trata de una zona de pinos y nogales, mezclados con helechos de variadas especies. Por encima de los 2.000 metros y hasta los 3.000 se sitúan las tierras frías con un promedio de temperatura de 17 grados. Tanto en las tierras cálidas, templadas y frías abundan las lluvias tropicales.

Las culturas más importantes de la actual Colombia, cuyos orígenes se remontan a los primeros siglos de la era cristiana, eran los taironas, los muiscas, los sinúes y, en menor medida, los quimbayas. Dentro de estos, los taironas de la Sierra Nevada de Santa Marta fueron quizás los más conocidos, por la tenaz resistencia que opusieron al invasor español. Al parecer, algunos de los pueblos colombianos compartían una misma lengua, denominada chibcha. Asimismo, mantenían relaciones comerciales más o menos fluidas y subsistían gracias a la agricultura, una gran variedad de peces de los ríos y animales comestibles de las orillas, como tortugas, manatíes, caimanes, capybaras y pollas de agua.