Esta claramente establecido que la participación de las vesículas sinápticas en el proceso de liberación del neurotransmisor involucra la fusión de su membrana con la del terminal axónico. Ello significa que después de la expulsión del contenido vesicular (exocitosis) la membrana de la vesícula queda incorporada en la del terminal. Posteriormente, vuelve a incorporarse al interior del terminal, en forma de vesículas que aparecen rodeadas de un halo formado por una proteina, la clatrina. Hay entonces un proceso de reciclaje de vesículas, pero aún no esta claro el mecanismo involucrado. Algunas hipótesis han planteado que existirían dos vías para explicar el reciclaje de las vesículas:

1. el exceso de membrana producido por la fusión de las vesículas con la membrana del terminal, genera en estas la formación de pequeñas fosas con halo de clatrina. Esta envoltura constituye una pequeña red alrrededor de la cavidad de la fosa. Luego de formada la vesícula, se desliga de su halo y queda la vesícula lista para almacenar nuevas moléculas del neurotransmisor, o recién sintetizadas o recién captadas. Esta hipótesis es la de la vía de reciclaje.
2. Una segunda vía estaría representada por segmentos de membrana del terminal (con la membrana vesicular incorporada) que en condiciones especiales, reentrarían en el terminal como vesículas sin halo. Esta vía se ha llamado de transcitosis.